En 1984, Matthäus cambia de aires y ficha por el todopoderoso Bayern Munich, club en el que estuvo hasta la temporada 1987-88, ganando con los muniqueses dos Bundesligas y una Copa de Alemania (DFB-Pokal). También consiguió llegar a la final de la Copa de Europa de 1987 ante el FC Oporto, aunque a pesar de empezar ganando ese partido, los portugueses le dieron la vuelta al marcador y acabaron por llevarse el trofeo por 2-1.
Tras caer en España 82 en la final, los alemanes llegaron con ánimos de revancha en el Mundial de México 86, y entre ellos Matthäus. Tuvo una actuación muy regular, marcando el gol de la victoria contra Marruecos, llevando a su selección a su segunda final consecutiva, esta vez, contra la Argentina de Maradona. Sin embargo, por segunda vez consecutiva veía pasar el título de refilón, tras caer con la albiceleste por 3-2.
Al acabar su última temporada con el Bayern Munich, Matthäus fue convocado para la Eurocopa 88, capitaneando a su equipo y marcando el primer gol del partido de semifinales contra la favorita, Holanda. Sin embargo la desgracia seguía persiguiendo a Matthäus, tras marcar Ronald Koeman de penalty y Marco Van Basten en los últimos minutos del partido, dejando fuera a los teutones.
Con el fin de la Eurocopa, Matthäus y su compañero de equipo Andreas Brehme, firman por el Inter de Milán de la Serie A italiana, ganando con el club transalpino el Scudetto en su primera temporada y la Supercopa Italiana.
A sus éxitos con la camiseta interista, se le sumará en 1990 el ansiado y deseado título de un Mundial, el de Italia 90. 6 de los jugadores de la selección germana jugaban, por aquel entonces, en clubes italianos, jugando Matthäus la mayor parte de los partidos del Mundial en el que era su estadio con el Inter, San Siro. La Alemania Federal de este campeonato fue el mejor equipo, destacando sobretodo por elegir un estilo de juego ofensivo, no muy visto durante esa Copa del Mundo. Matthäus lideró a los alemanes desde el puesto de mediocentro y anotando 4 goles, 2 de ellos contra Yugoslavia. En su tercera final consecutiva de un Mundial, Alemania se enfrentaba a la Argentina de Maradona con el recuerdo del Mundial anterior perdido. Sin embargo, a la tercera fue la vencida, y un gol de penalty de Brehme en el minuto 85, consagró de una manera definitiva a Matthäus. Como capitán de la selección teutona, tuvo el honor de ser el primer capitán de la elástica germana tras la caída del muro de Berlín y la consiguiente reunificación de las dos Alemanias.
Tras el Mundial, Matthäus siguió obteniendo títulos y reconocimientos con el Inter, como la Copa de la UEFA de 1991, el balon de oro 1990, futbolista aleman del año 1990 y el primer Fifa World Player tambien en el año 91.Todos estos galardones le daban como una de las grandes estrellas de la cita europea que tenía a continuación, la Eurocopa 92. Pero una lesión le impidió acudir a la convocatoria y su equipo perdía la final del torneo por selecciones europeas frente a la sorprendente Dinamarca por 2-0.
Tras su exitoso paso por Italia, decide volver a su país, y al equipo en el que obtuvo sus mayores logros, el Bayern de Munich en 1992, donde reedita títulos de antaño. En este segundo período en el club bávaro, logra 4 Bundesligas, 2 Copas de Alemania (DFB-Pokal) y alcanza su segunda final de la Copa de Europa en 1999.
Con la llegada del Mundial de USA 94, Matthäus seguía capitaneando la selección pero esta vez desde el puesto de líbero. Marcó un gol de penalty en los 1/4 de final ante Bulgaria, siendo este partido destacado por convertirse en el jugador que más partidos de un Mundial había disputado (21). A pesar de todo, los búlgaros remontaron ese gol y se impusieron echando fuera a Alemania. Se creía que USA 94 iba a ser su última gran cita, a pesar de no reconocer en ningún momento su retirada definitiva de los campos.
De hecho, Matthäus no sería llamado por su selección para la Eurocopa de 1996, aunque en el transfondo de esta cuestión, parecía tener mucho que ver la mala relación que mantenía Matthäus con el capitán, Jürgen Klinsmann y su entrenador Berti Vogts. En su ausencia Alemania ganó esa edición de la Eurocopa celebrada en Inglaterra.
Pero sus convocatorias internacionales, sorprendentemente no acabaron ahí, ya que fue llamado por su selección en el Mundial de Francia 98 convirtiéndose así en el jugador de campo que mas mundiales ha disputado (El portero mexicano Antonio Carbajal tambien ha disputado 5 mundiales), debido a la baja de última hora del líbero Matthias Sammer.
Fue uno de los artífices de la victoria alemana contra USA, y salió del banquillo en el siguiente partido contra Yugoslavia, al que ayudó de manera fructífera en el 2-2. Al final la selección alemana seria mandada de vuelta a casa en la competición tras perder en cuartos de final frente a Croacia.
El único título de renombre que Matthäus no pudo alzar fue la Copa de Europa, aunque en 1999 la tuvo entre las yemas de los dedos. Sin embargo en los dos últimos minutos de aquella final celebrada en Barcelona y ante el Manchester United, Matthäus veía como los ingleses le daban la vuelta al partido y al gol de Basler de falta. Aquel partido provocó controversia entre los aficionados del Bayern, ya que Matthäus había sido substituido en el minuto 86', con el marcador todavía en 1-0. El enfado de Matthäus fue tal, que se quitó la medalla de finalista del cetro europeo nada más recibirla, convirtiéndose esta final, en la segunda final de la máxima competición europea que perdía, tras la otra gran decepción vivida ante el Oporto en 1987.A pesar de haber perdido la Copa de Europa vuelve a ser nombrado Futbolista Alemán de año 1999
Tras la temporada 1999-2000, Matthäus decide acabar su carrera deportiva en Estados Unidos, fichando por el MetroStars de la MLS, equipo en el que jugaría entre Mayo y Septiembre del 2000, jugando en total 16 partidos.
Sus últimos partidos como internacional datan de la Eurocopa 2000, completando sus 150 apariciones con Alemania tras jugar contra Portugal.
Después de su retirada Matthäus ha entrenado a varios equipos y a la selección húngara sin conseguir los logros que consiguió como jugador.
EJEMPLO DE SUPERACION MUNDIAL
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